La Junta General de Aguas del Huesna, S.L.U. es el máximo órgano de la empresa de gestión. En ella están representados todos y cada uno de los miembros de la Junta General del Consorcio de Aguas del Huesna, entidad pública que actualmente tiene todas las participaciones sociales de Aguas del Huesna, S.L.U. Estos componentes son, a su vez, representantes de cada uno de los Ayuntamientos consorciados. Por tanto, los Ayuntamientos están representados directamente en la sociedad gestora de servicio y tienen plena capacidad de decisión sobre el devenir de la empresa.

La Junta General se celebra dentro del primer semestre de cada año con objeto de aprobar el informe de gestión y las cuentas anuales de la empresa, si bien una vez constituida también tiene potestad para modificar los estatutos o abordar grandes decisiones con amplia trascendencia. Es competencia de de este órgano el nombramiento de los vocales que conforman el Consejo de Administración.